クリスタルさんに関わらず、FC加盟店と本社でコンセプトが違う事って有り得るものでしょうか？

あー、有り得るのかなと思います。
弊社だけじゃなく1次代理店と2次代理店は法人格も別ものですし、全てを管理してがんじがらめのルールで統一してるわけじゃないので、一定のルールやコンセプト共有はもちろんありますが、違うことは多々あると思います。

また、ブログ記事やTwitterなどの発言や発信に関しても本部の意向とは違う内容、そぐわない内容、それ以上になると問題となる内容に分類されていきますけど、危険域に達したら対処する流れです。

この辺は、立場が違えば見方も違いますので、コンセプトや考え方の違いに自由度や個性の幅は認めますが、何をどう言われてもダメなものはダメ。というものはルールの根底に御座います。
もちろん守れなければ契約解除です。

ここは他社さんによって違うかもしれませんのでそれぞれご確認ください。